熊本県における養殖漁業は、干満差の大きい干潟を利用した「有明海におけるノリ養殖」と、入り組んだ波静かな湾を利用した「八代海における魚介類養殖」に大別されます。
  また、養殖漁業は生産額において、水産業全体の７０％程度を占める重要な産業です。
  水産研究センターでは、養殖漁業と環境保全との両立を目指した様々な研究に取り組んでいます。

  ノリは、海の栄養塩を使って育ちますので、環境に負荷された栄養（私たちの生活・産業活動から出るもの）を食べられる形に変えています。生産に必要な活性処理剤についても使用量の削減や回収を行っています。
また、近年の冬場の高水温や、低栄養塩に対応するための新たな品種作りを行っています。

  海水中で散らばりやすい生餌ミンチから、固形ペレットへの餌の転換が進んで環境負荷の低減が図られています。また海藻を一緒に養殖することで、糞や尿からでる窒素やリンを回収する取り組みが始まっています。