有明海・八代海をはじめとする閉鎖性海域は、自然環境の悪化、洪水・高潮などの災害の頻発化、過疎化・少子高齢化といった緊急に解決しなければならない多くの課題を抱えています。沿岸環境部門では、これらの課題を解決し、「豊かな自然環境を創生」するために、先端的かつ広範な研究・教育を行っています。特に現在は、河川・沿岸域の再生・創生に焦点を当てた研究・教育を推進しています。

　なお、これらの研究・教育は、国内だけでなく、インフラ整備が急速に進み、同様の問題を抱えるアジア・アフリカ地域などへも貢献するものです。