有明海・八代海は日本でも有数の内湾で干満の差が大きく、国内最大面積の干潟・浅海域を有しています。この浅海域及びその沿岸域には様々な生物種が生息生育しており、調和した生態系を形作っています。その生態系の変動を生物多様性の観点からモニタリングすることにより、環境変化による生態系への影響について教育研究を行います。さらに、この地域に生存している数多くの貴重で特異な生物種について系統発生進化学および生物地理学的側面から教育研究を行います。

海産動植物は、水温、光強度、浸透圧、酸素濃度や汚染物質などの環境変化に対応する能力をもっています。しかし、これらの環境要因が一定の範囲を超えると発生、成長、成熟等の生理現象が強く影響されます。水産業上有用な動植物のゲノム情報を解析し、分子生物学的手法を用いてそれらの環境応答機構を明らかにすることにより、優良種の選別や作出および環境指標生物の開発のための教育研究を行います。

紅藻スサビノリはノリ養殖に利用されています。海水中の栄養塩類濃度の低下や高水温により養殖ノリでは光合成色素が減少し、いわゆる「色落ち」が生じます。「色落ち」の分子機構解明をめざして、スサビノリにおける集光性色素タンパク複合体フィコビリソームの分解制御に関わる遺伝子の同定とそれらの栄養ストレス応答機構を調べています。

沿岸域の自然環境について、波浪、潮流、水質などの水圏に関わる分野、海底地形の形成や干潟機能などの地圏に関わる分野、大気の流れなどの気圏に関わる分野、さらに生態環境に関する分野などから総合的に調べ、そのメカニズムの解明を行います。これらを基に、沿岸地域の台風や波浪に対する防災と自然環境の保全、沿岸域の開発・利用との調和した環境創造の方法や環境回復の方法などについて教育研究を行います。

有明海・八代海の再生を目指して、流況の数値解析や調査、海底堆積物調査、生態系調査など総合的に調べ環境特性や変化要因を明らかにします。人工の潟湖（野鳥の池）を作って生物や水質変化を調べ、生物創成過程を調査しています。再生策として、ヘドロ化した底質改善策を実施したり、人工化された海岸堤防の前面に「なぎさ線」を作って地形の連続性による生態系連続の場の創成を実施しています。また、防災目的の海岸堤防の前面に突堤を作り、砂浜を回復することで、"防災と環境の調和"した海岸環境創成などについて、国や県、NPOなどと連携して調査研究しています。

地域には、水・地形・地質・気候などの自然環境と、歴史的・文化的な側面を含む人間社会・経済の環境によってそれぞれ固有の環境特性が形成されています。自然環境と調和し、将来に亘って好ましい潤いのある個性豊かな地域社会創りを行う為に、自然・文化・歴史・経済にわたる広範な視点から地域環境について総合的に調査・分析を行い、地域の活性化に繋がる自然・社会環境共生事業等のあり方に関する教育研究を行います。

自然環境と調和した持続的な地域環境づくりを目指して、自然・歴史・文化・社会・経済などについて、アンケート調査や様々な資料収集を行って地域特性を調べたり、環境の価値評価（CVM評価）などを行って環境を良くする為の政策（地域貨幣発行など）提言を行っています。また、実際に地域の住民と行政や大学などとの連携体制で、"災害に強く環境と調和した地域づくり"などに取り組んでいます。